BRCA1 and BRCA2 TSMR demonstration
BRCA1 RING domain
1                                                                                                  
Human M - D L S A L R V E E V Q N V I N A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C K F C M L
Chimpanzee M - D L S A L R V E E V Q N V I N A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C K F C M L
Gorilla M - D L S A L R V E E V Q N V I N A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C K F C M L
Orangutan M - D L S A V R V E E V Q N V I N A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C K F C M L
Rhesus monkey M - D L S A V R V E E V Q N V I N A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C R F C M L
Mouse M - D L S A V Q I Q E V Q N V L H A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C K F C M L
Dog M - D L S A D R V E E V Q N V L N A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C K F C M L
Cat M - D L S A D H V E E V Q N V L N A M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T K C D H I F C K F C M L
Cow M - D L P T V T I E E V K N V L I G M Q K I L E C P I C L E L I K E P V S T T C D H I F C R F C M L
Chicken M - D L S V I A I G D V Q N V L S A M Q K N L E C P V C L D V I K E P V S T K C D H V F C R F C M F
Frog M - T C S R M D I E G I C S V I S V M Q K N L E C P I C L E L M K E P V A T K C D H I F C K F C M L
Pufferfish M - E - - A P T A T D V K K R I S L L W E T L Q C P I C L D L M S E P V S T K C D H Q F C R F C M L
Sea urchin M A E - - - V R L K K I T D S I G L M Q K N L E C S I C L D L L Q D P V S T K C D H Q F C N F C V L
50                                                                                                  
Human K L L N - Q K K G P S Q C P L C K N D I T K R S L Q E S T R F S Q L V E E L L K I I C A F Q L D T G
Chimpanzee K L L N - Q K K G P S Q C P L C K N D I T K R S L Q E S T R F S Q L V E E L L K I I C A F Q L D T G
Gorilla K L L N - Q K K G P S Q C P L C K N D I T K R S L Q E S T R F S Q L V E E L L K I I C A F Q L D T G
Orangutan K L L N - Q K K G P S Q C P L C K N D I T K R S L Q E S T R F S Q L V E E L L K I I C A F Q L D T G
Rhesus monkey K L L N - Q K K G P S Q C P L C K N D I T K R S L Q E S T R F S Q L V E E L L K I I H A F Q L D T G
Mouse K L L N - Q K K G P S Q C P L C K N E I T K R S L Q G S T R F S Q L A E E L L R I M A A F E L D T G
Dog K L L N - Q R K G P S Q C P L C K N D I T K R S L Q E S T R F S Q L V E E L L K I I H A F E L D T G
Cat K L L N - Q K K G P S Q C P L C K N D I T K R S L Q E S T R F S Q L V E E L L K I I H A F E L D T G
Cow K L L S - K K K G P S Q C P L C K N N I T K R S L R E S T R F N Q L V E G L L K T I R A F E L D T G
Chicken K L L S R K K K G V I Q C P L C K T E V T K R S L K E N S R F K Q L I E G L L E A I S A F E L D T G
Frog Q L L S K K K K G T V P C P L C K T E V T R R S L Q E S H R F K L L V E G Q L K I I K A F E F D S G
Pufferfish K L L S N T K Q N K A N C P V C K S K I T K R S L Q E S P G F Q R L V S G L Q E I I L A Y E N D T G
Sea urchin A L L Q S S S K P S A R C P L C K I V I T K R S L T K N E Q L D G I V K A V R S V I T A V E E D S G
99      
Human L E Y A
Chimpanzee L E Y A
Gorilla L E Y A
Orangutan L Q Y A
Rhesus monkey L Q F A
Mouse M Q L T
Dog L Q F A
Cat L Q F A
Cow F Q F S
Chicken V K F L
Frog Y K F F
Pufferfish T N Y F
Sea urchin L R C S
BRCA1 BRCT domain
1641                                                                                                  
Human A S T E R V N K R M S M V V S G L T P E E F M L V Y K F A R K H - H I T L T N L I T E E T T H V V M
Chimpanzee A S T E R V N K R M S M V V S G L T P E E F M L V Y K F A R K H - H I T L T N L I T E E T T H V V M
Gorilla A S T E R V N K R M S M V V S G L T P E E F M L V Y K F A R K H - H I T L T N L I T E E T T H V V M
Orangutan A S T E R V N K R M S M V V S G L T P E E F M L V Y K F A R K H - H I T L T N L I T E E T T H V V M
Rhesus monkey A S T E R V N K R M S L V V S G L T P E E F M L V Y K F A R R Y - H I A L T N L I S E E T T H V V M
Mouse S S E E R A D R D I S M V V S G L T P K E V M T V Q K F A E K Y - R L T L T D A I T E E T T H V I I
Dog S S T R G V N K R I S M V A S G L T P K E F M L V H K F A R K H - H I S L T N L I S E E T T H V I M
Cat S S T E R S K K R L S M V A S G L T P K E L M L V Q K F A R K H - H V T L T N L I T E E T T H V I M
Cow K K G G T G N R K I S L V S S G L T P K E N M L V Q K F A R K T - H S T V S H Q I T E G T T H V I M
Chicken S S G T T C R T E M S I V A S G L N Q S E H L M V Q K F A R K T - Q S T F S N H I T D G T T H V I M
Frog S P V V S S R R N L S F V A S G L N Q C E M A L V Q R F S K T T - Q S I L S S R I T D S T T H V I M
Pufferfish P E R A R S L A R M L L V T S G L G P S Q Q I T V K K F A K R I - G A T V V S Q V T P E V T H V V M
Sea urchin P S P G P S S Q P M S L I A T G L N R L E L R Q V E Q L T S Q L A N C R F A S A F N A N T T H V I V
1690                                                                                                  
Human K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S Y F W V T Q S I K E R K M L N E H D F E V R G D
Chimpanzee K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S Y F W V T Q S I K E R K M L N E H D F E V R G D
Gorilla K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S Y F W V T Q S I K E G K M L N E H D F E V R G D
Orangutan K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S Y F W V T Q S I K E R K M L N E H D F E V R G D
Rhesus monkey K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S Y F W V T Q S I K E R K M L N E H D F E V R G D
Mouse K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W I V S Y S W V V R S I Q E R R L L N V H E F E V K G D
Dog K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S Y F W V T Q S I K E R K I L D E H D F E V R G D
Cat K T D P E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S Y F W V T Q S I K E G K M L D E H D F E V R G D
Cow K T D A E F V C E R T L K Y F L G I A G G K W V V S F L W V V Q S F K E G K M L P E C D F E V R G D
Chicken K T D E E L V C E R T L K Y F L G I A G R K W V V S Y Q W I I Q S F K E G R I L D E E H F E V K G D
Frog K T D A E L V C E R T L K Y F Q G I A S R K W V V S Y E W V V Q S F R E G Q I L D E Y D F E V K G D
Pufferfish H T D E Q L V C E R T L K Y F L G I A G R K W V V S F Q W I S E C I K Q K K L L N E T L F E V R G D
Sea urchin K T D S S L V C E R T L K Y F Q G I A A R A W I V S F Q W V H D S L K A R K I L A E E D Y E V R G D
1740                                                                                                  
Human V V N G R N H Q G P K R A R E S Q D R - - - - - K I F R G L E I C C Y G P F T N M P T D Q L E W M V
Chimpanzee V V N G R N H Q G P K R A R E S Q D R - - - - - K I F R G L E I C C Y G P F T N M P T D Q L E W M V
Gorilla V V N G R N H Q G P K R A R E S Q D R - - - - - K I F R G L D I C C Y G P F T N M P T D Q L E W M V
Orangutan V V N G R N H Q G P K R A R E S Q D R - - - - - K I F R G L E I C C Y G P F T N M P T D Q L E W I V
Rhesus monkey V V N G R N H Q G P K R A R E S P D R - - - - - K I F R G L E I C C Y G P F T N M P T D Q L E W M V
Mouse V V T G R N H Q G P R R S R E S R E - - - - - - K L F K G L Q V Y C C E P F T N M P K D E L E R M L
Dog V V N G R N H Q G P K R A R E S Q D R E S Q D R K I F R G L E I C C Y G P F T N M P T D Q L E W M V
Cat V V N G R N H Q G P K R A R E S R D K - - - - - K I F K G L E I C C Y G P F T N M P T D Q L E W M V
Cow V I N G R N H R G P E R A R E S Q G M - - - - - K I F R G L E I C C Y G P F T D M S T D Q L E W M V
Chicken V I N G R N H Q G P K R A R Q S P A E - - - - - K I F K D F E I C C C G P F T D M T T G H L E W I V
Frog V I N G R N H R G P R R S R L G S D G - - - - - L L L I D F E I C F F G S F T D M T L D D L E W M V
Pufferfish V V N G F D H Q G P M K A R A T A D N - - - - N L L M K G Y S I C F Q G P F T D M T T A E M E L M V
Sea urchin V V N G E D H H G P K R A R T V E G P - - - - - G F M A K F D L C C I G P F T G L N K D Q L V G L C
1785                                                                                                  
Human Q L C G A S V V K E L S S F T L G T G V H P I V V V Q P D A W T E D N G F H A I G Q M C E A P V V T
Chimpanzee Q L C G A S V V K E L S S F T L G T G V H P I V V V Q P D A W T E D N G F H A I G Q M C E A P V V T
Gorilla Q L C G A S V V K E L S S F T L G T G V H P I V V V Q P D A W T E D N G F H A I G Q M C E A P V V T
Orangutan Q L C G A S V V K E L S S F T L G T G V H P I V V V Q P D A W T E D N G F H A I G Q M C E A P V V T
Rhesus monkey Q L C G A S V V K E L S S F T L G T G F H P I V V V Q P D A W T E D N G F H A I G Q M C E A P V V T
Mouse Q L C G A S V V K E L P S L T H D T G A H L V V I V Q P S A W T E D S N C P D I G Q L C K A R L V M
Dog H L C G A S V V K E P S L F T L S K G T H P V V V V Q P D A W T E D S G F H A I G Q M C E A P V V T
Cat Q L C G A S V V K E P S S F T P D Q G T H P V V V V Q P D A W T E D A G F H V I G Q M C E A P V V T
Cow Q L C G A S V V K K P S S L R F R V G S S P V V V V Q P D A W E D D S S F Q E I G L V C E A P V V T
Chicken E L C G A S V V K Q L H L F T H K V N S T A V V V V Q P D A W M E G T S Y E A I Q R K N N V A V V T
Frog S E C G A T V V K K L Q F F K K K H N V T S L V I V Q P D A S T E V R D Y T E I R K K H K A L V V T
Pufferfish E L C G A T V V Q D P L L L D G K R T S H Q L I V V Q S G S E S S R S - - - - - - V S G K A T V V T
Sea urchin E M C G A S T V Q H P S L F P Y N P G R K A F I V V E P N L D T - D R N Y Q G L Q R K F R V P V I S
1835                                                                                  
Human R E W V L D S V A L Y Q C Q E L D T Y L I P Q I P H S H Y                          
Chimpanzee R E W V L D S V A L Y Q C Q E L D T Y L I P Q I P H S H Y                          
Gorilla R E W V L D S V A L Y Q C Q E L D T Y L I P Q I P H S H Y                          
Orangutan R E W V L D S V A L Y Q C Q E L D T Y L I P Q I P H S H Y                          
Rhesus monkey R E W V L D S V A L Y Q C Q E L D T Y L I P Q I P H S H Y                          
Mouse W D W V L D S L S S Y R C R D L D A Y L V Q N I T C D S S E P Q D S N D            
Dog R E W V L D S V A L Y Q C Q E L D T Y L I P Q I P R T A A D S S Q P C V            
Cat R E W V L D S V A L Y Q C Q E L D T Y L V P                                        
Cow R E W V L D S V A C Y Q R Q E L D T Y L I S Q T S P S L C                          
Chicken R E W V L D S V A C F E C Q E L D A Y L V S Q D                                    
Frog R E W L M D S V A T Y R L Q K F D A Y L A                                          
Pufferfish R G W L L D S V A T Y T I Q N L K N Y R A D L R A A                                
Sea urchin R E W V L D S I A L Y K S Q P I T D Y L L T D F T S P M T D Q P T I D L D S D D D Q
BRCA2 DBD domain
2401                                                                                                  
Human R P T K V F V P P F K T K S H - - - - F H R V E Q C V - R N I N L E E N R Q K - - - Q N I D G H G S
Rat K S T K V F V P P F K V K S R - - - - F H R D E H F D S K N V N L E G K N Q K S - - - - - - - - - A
Dog K P V K V F V P P F K T K S H - - - - F H R D E Q C I S K N T K L E K N K Q N S - - K D I D E L G S
Cow K P M K V F V P P F K T K S H - - - - I H R D E Q F V G K N T N L E E N K Q Q - - - K N I D E H G S
Grey, short tailed opossum K P A K V F V P P F K T N S N S - - S T A T D D E F I R K R L K V K V K E Y T P - E N E K Q K Y G D
Chicken K A V K T F V P P F K T K L T - - - - L S T G E Q G G S K R C H S P I R N S V M E E R E L N Q I P V
Western clawed frog I P A K K F V P P F K K T V A T - - L A D N Q S N S V Q N G S S D G L I E S I V Y P K E D K V E T I
Pufferfish E P K H H F I P P F T N P C A T S - S T K K H T A G V T G N K P A E D V P R V T L A E T A S G E P V
Sea urchin T S A A G L I P R C S N P T V V L N D R T K Q C K A R Q S S P P T S I S T S S H C V S D G S L H P A
2443                                                                                                  
Human D D S K N K I N D N E I H Q F N K N N S N Q A A A V T F T K C E E E P L D L I T S L Q N A R D I Q D
Rat D G V S E D G N D S D F P Q F N K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - D L M S S L Q N A R D L Q D
Dog G D S E K N I N D S G I H Q L K K N N S N Q A A T I I F T K N E K E P L D L I T N L Q N A R D I Q D
Cow G D S E N N V N N C E I H Q T - - - - - - - - - T I L F T K - - - - - - D S I T N L Q N A R D I Q D
Grey, short tailed opossum A H N S G D S E N N E N Y L S D K D N S N Q A T T D I F K E C G N L H L E M I E N L Q H A R E M Q D
Chicken E Q N S A E A R D H Q S C I L H A A V T D I E N D N L V - - - - - - T S N M M A N L H C A R D L Q E
Western clawed frog C S S K D Q F D D S D I - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L Q M T S N L R C S K D L Q E
Pufferfish M S P G S E D P A A E A A C M E D T - - - - - - - - - - - - L S R D L F Q H L H N V E L A R D M Q G
Sea urchin D P F V K S Y P D Q C A T N Q S Q S Q L E - - - - - A T P T I A E G V C S F V A R W A E A R R A Q Q
2493                                                                                                  
Human M R I K K K Q R Q R V F P Q P G S L Y L A K T S T L P R I S L K A A V G G Q V P S A C S H K Q L Y T
Rat I R I K N K E R H H L C P Q P G S L Y L T K S S T L P R I S L Q A A V G D S V P S A C S P K Q L Y M
Dog M R I K K K Q R Q H I F P Q P G S L Y L A K T S T L P R I S L R E A V E G R V P S A C S H K Q L Y M
Cow M R I R K K Q R Q C I F P Q P G S L Y L A K T S T M P R I P L R E A V E G R I P S A C S H K Q L Y M
Grey, short tailed opossum M R I K K K Q T Q K I H P Q A G S L Y L R K T S T L P R S S L R V V V E G K V P S T Y S S K Q L Y M
Chicken M R I K K K Y R Q N I S P Q P G S L Y V T K T S A R N R I S L K T A V E E E T P S F H S T E K L Y T
Western clawed frog M R I R K K L R Q K I K P H P G S L Y R L K M S H V K R I S L Q S A V A E R C P T L Y S R E Q L Y R
Pufferfish M R I R K K K R Q T I L P L P G S L F L K K S S G V T R I P L K S A V N G K P P A R Y T P K Q L Y G
Sea urchin Q R I D A K R K K V I K P E L G S L W R S R K E - Q D R I S L G E F V N H Q Y P C S M S D S E L F G
2543                                                                                                  
Human Y G V S K H C I K I N S K N A E S F Q F H T E D Y F G K E S L W T G K G I Q L A D G G W L I P S N D
Rat Y G V S K A C I S V N S K N A E Y F Q F A I E D H F G K E A L C A G K G F R L A D G G W L I P S D D
Dog Y G V S K H C V K I N S K N A E S F Q F H A Q D Y F G K E G L W S G E G I Q L P D G G W L I P S N D
Cow Y G V S K H C V K I N S K N A E A F Q F H T Q D Y F G K E S L W T G K G I Q L A D G G W L I P S N D
Grey, short tailed opossum Y G I T K Q C L R I N S K N S E S F K F H S E D Y F S K E H L L D G N G I Q L A D G G W L I P T D E
Chicken Y G V S K H C I Q V N S T N A E S F Q F L I E E F F S K E Y L L A G N G I Q L A D G G W L I P T D E
Western clawed frog Y G I V K N H I G V S S E N A L S F Q F H C S N Y F T K E L L L S G N G V Q L A D G G W L I P T E Q
Pufferfish L G V P L N V L E I T S E T A G S F R F S L Q Q F V K L E S L T D K G G I Q L A D G G W L I P R N D
Sea urchin H G I L S S T L S V R P N N A E G Y E F A G E D H F S P S C L E S D R G I P L D D G G R L V L S P N
2593                                                                                                  
Human G K A G K E E F Y R A L C D T P G V D P K L I S R I W V Y N H Y R W I I W K L A A M E C A F P K E F
Rat G K A G K E E F Y R A L C D T P G V D P K L I S S V W V S N H Y R W I V W K L A A M E F A F P K E F
Dog G K I G K E E F Y R A L C D T P G V D P N C I S R V W V Y N H Y R W I I W K L A A M E F A F P K E F
Cow G K A G K E E F Y R A L C D T P G V D P K L I S R V W V Y N H Y R W I I W K L A A M E F A F P K K F
Grey, short tailed opossum G K L G K E E F Y R A L C D T P G V D P K L I T K T W V Y N H Y R W I I W K L A A M E F T F P K E F
Chicken G K A G K K E F Y R A L C D T P G V D P K L I T E A W V Y N H Y R W I V W K L A A M E V C F P H K F
Western clawed frog G N A G K E E I Y R A F C D T P G V D P K L I S A E W V H N H Y R W I V W K L A A M E V R F P K T F
Pufferfish G T A G K E E F Y R A L C D T T G V D P K L I S E E W V Y N H Y R W I V W K Q A S M E R S F P E Q L
Sea urchin G L A G K K E F Y C A L L D T P G V D P K L L K E E W V F N H Y K W I I W K A A A M E V A Y P L Q F
2643                                                                                                  
Human A N R C L S P E R V L L Q L K Y R Y D T E I D R S R R S A I K K I M E R D D T A A K T L V L C V S D
Rat A N R C L N P E R V L L Q L K Y R Y D V E I D N S S R S A L K K I L E R D D T A A K T L V L C V S D
Dog A N R C L S P E R V L L Q L K Y R C D V E I D K S R R S A I K K I M E R D D T A A K T L V L C I S E
Cow A N R C L N P E R V L L Q L K Y R Y D V E I D R S K R S A I K K I M E R D D T A A K T L V L C V S E
Grey, short tailed opossum A S R C L T P E W V L L Q L K Y R Y D I E I D E S R R S A I K K I M E R D E T P A K T L V L C V S E
Chicken A N R C L T P E T V L L Q L K Y R Y D L E I D K S K R S A I K K I T E R D D A A G K T L V L C V S K
Western clawed frog A C R C L T P E R V L L Q L K Y R Y D V E I D K S Q R S A I K K I M E R D D S P A K T L V L C I A K
Pufferfish G S L C L T P E Q V L L Q L K Y R Y D I E V D Q S R R P A L R K I M E R D D T A A K T L I L C V C G
Sea urchin G G R F L T P N W V L L Q L K Y R Y D R E I D H S Q R P A L R K I L E R D D A A S R R M V L C V A A
2693                                                                                                  
Human I I S L S A N I S E T S S - - - - N K T S S A D T Q K - V A I I E L T D G W Y A V K A Q L D P P L L
Rat I I S L S T N V S E T S G - - - - S K A S S E D S N K - V D T I E L T D G W Y A V K A Q L D P P L L
Dog I I S S S A D I S E T S S - - - - S K T S S V G T K K - V G I I A L T D G W Y A I K A Q L D P P L L
Cow I I S L S T D I S E P S S - - - - N K T S S V D T T K - V A V V Q L T D G W Y A I K A Q V D P P L S
Grey, short tailed opossum I I S S G T N I S I T A N - - - - S K N N S V E T K K E S A V I E V T D G W Y A I K A L L D S S L L
Chicken V L S L N T A V S P - - S - - - - N S N N N T E G E K A A A I I E V T D G W Y G I R A L L D P P L K
Western clawed frog I I S Q G T R L P N A C S - - - - N K T E P A D S K E S S A V I E V T D S W Y G I K V L L D P C L T
Pufferfish V V S R G S S P Q K Q G L G G V A A P S S D P Q V E N P F A V V W L T D G W Y S I K A Q L D G P L T
Sea urchin I G N T G T S T G H D G K - - - G A E Q R K S L Q A L S H P T L E L T D G W Y S I P A A I D P P L A
2738                                                                                                  
Human A V L K N G R L T V G Q K I I L H G A E L V G S P D A C T P L E A P E S - - L M L K I S A N S T R P
Rat A L V K S G R L T V G Q K I I T Q G A E L V G S P D A C A P L E A P D S - - L R L K I S A N S T R P
Dog A L V K N G R L T V G Q K I T I H G A E L V G S P D A C T P L E A P E S - - L M L K I S A N S T R P
Cow A L L K N G R L T V G Q K I V I H G A E L V G S P D A C T P L E A P E S - - L M L K I S A N S T R P
Grey, short tailed opossum A I L Q K G K L T T G Q K I I T H G A E L I G S Q E A C T P L E A P E S - - L M L K L S A N S T R P
Chicken A F L H R R R L T V G Q K I I V H G A E L I G S P N G C T P L E A P D S - - L M L K I A A N S T R C
Western clawed frog A L L H K G R L F I G Q K L I V H G A E L I G S D D A C S P L E A P E S - - L M L K I A A N S T R P
Pufferfish S M L N R G R L P V G G K L I I H G A Q L V G S Q D A C S P L E A P E S - - I M L K I F A N S S R R
Sea urchin N H V R S G K I V C G T K L C I S G A E L V G A Q D A C S P L E I P E G - - L K L K I T A N S T R R
2786                                                                                                  
Human A R W Y T K L G F F P D P R P F P L P L S S L F S D G G N V G C V D V I I Q R A Y P I Q W M E K T S
Rat A R W H S K L G F F H D P R P F P L P L S S L F S D G G N V G C V D V I V Q R V Y P L Q W V E K T V
Dog A C W Y T K L G F S P D P R P F P L P L S S L F S D G G N V G C V D V V V Q R A Y P I Q W M E R T P
Cow A C W Y A K L G F S P D P R P L P L P L S S L F S D G G N V G C V D I I I Q R A Y P I Q W M E K T S
Grey, short tailed opossum A R W Y A K L G F F S D P R P F P L P L S S L F S E G G N V G C V D I V V Q R V Y P T Q W M E K T L
Chicken A R W Y T K L G F H R D P R P F P L P L S S L Y S E G G T V G C I D V V V Q R T Y P I Q W M E K T S
Western clawed frog V R W H T K L G Y F K D P R P F C L H L S S L L S E G G V V G C V D V V I Q R I Y P M Q W M E K M A
Pufferfish A R W D A K L G F Y R D P R P F L L P V S S L Y N S G G P V G C V D I I I L R S Y P T L W M E R K P
Sea urchin A R Y N A R L G L Q A D P R P F P L P M T S L H P E G G T V G C L D V L I L R T Y P M Q F M E K L P
2836                   11                                                                              
Human S G L Y I F R N E R E E E K E A A K Y V E A Q Q K R L E A L F T K I Q E E F E E H E E N T - - - - -
Rat S G S Y I F R N E R E E E K E A L R F A E A Q Q K K L E A L F T K V H T E L K E H E E D I - - - - -
Dog S G L C I F R N E R E E E K E A T K Y A E I Q Q K K L E V L F N K I Q A E F E K N D E N I - - - - -
Cow T G L Y I F R N E R E E E K E A T K Y A E A Q Q K K L E A L F T K I Q A E F E D H E E N V - - - - -
Grey, short tailed opossum S G S Y I F R N E R A E E K E A L K Y A E C Q Q K K L E A L L T K I Q A E F E K H E E N S - - - - -
Chicken A G S Y V F R N S R A E E R E A A K H A E D Q Q K K L E A L F A K I Q A E F E K H E E R N - - - - -
Western clawed frog N G L Y V F R N D R A E E R E A E K H S A N Q Q K K L E M L F S K I Q A E F E Q R E V T C - - - - -
Pufferfish E G G T V F R S G R A E E K E A R R Y N V H K E K A M E I L F D K I Q A E F E K E E R D N - - - - -
Sea urchin E G G S V F R N A K E E A K A A A L H A G R K Q N K M E Q L F T Q I Q K Q F E A K Q A T K G Q G G K
2881                                                                                                  
Human T K P - Y L P S R A L T R Q Q V R A L Q D G A E L Y E A V K N A A D P A Y L E G Y F S E E Q L R A L
Rat A Q R - R V L S R A L T R Q Q V H A L Q D G A E L Y A A V Q D A S D P E H L E T C F S E E Q L R A L
Dog T K Q - C I P S C A L T R Q Q I C A L Q D G A E L Y E A V T N A P D P S D L E G Y F S E E Q L R A L
Cow T E Q - C I P S R A L T R Q Q V R A L Q D G A E L Y E A V K N A P D P S Y L E G Y F S E E Q L R A L
Grey, short tailed opossum A T H - H R Q S H I L T R Q Q V R A L Q D G A D L Y E A V K N A P D P A Y V E G C F S K E Q L R T L
Chicken C R R - A P R S R I V T R Q Q I H N L Q D G A E L Y E A I Q N A A D P S Y M E G Y L S E D Q L K A L
Western clawed frog N R R K G L R R R S L N A Q Q M Q T L Q D G A E I Y E A I Q N E S D P G Y L E S Y L S A E Q L K A L
Pufferfish R K P - R S R R R T I G D Q D I K S L Q D G E E L Y E A V G D - - D P A Y L E A H L T E Q Q A E T L
Sea urchin R R R S L P S S R S R N P V E V E K L Q S G E E L F E A M E A A I D P A A F E S V L S E R Q C S T L
2930                                                                                                  
Human N N H R Q M L N D K - K Q A Q I Q L E I R K A M E S A E Q K E Q G L S - R D V T T V W K L R I V S Y
Rat N N Y R Q M L S D K - K Q A R I Q S E F R K A L E A A E K - E E G L S - R D V S T V W K L R V T S Y
Dog N N H R Q M L N D K - K Q A Q I Q L E F K K A M E S A E Q G E Q I L P - R D V T T V W K L R I I S Y
Cow N N H R Q M L N D K - K Q A Q I Q V E L R K A M E S A E Q G E Q I L P - R D V T P V W K L R I M S Y
Grey, short tailed opossum N H H R Q I L N D K - K Q E Q L Q A E F R K A I A A A E L E E H G L A K R D V T T V W K L R V V N Y
Chicken N A H K Q L M N D K - K Q T R I R E E F K K A V E S A E Q E K H G F S K R D V S T V W K L F V I D Y
Western clawed frog N H H R Q L L N D K - K Q A L I Q A E F R K A I E C S E Q D A N G C T R R D V T P V W K L R I A D Y
Pufferfish Q N Y K R L L I E K - K Q A E L Q D R Y R R A V E T A E D G T G S C P K R D V A P V W R L S I A D F
Sea urchin H A Y R R L Q N E V - K Q A D L Q A A F N R S L - - A Q Q N K E G K F E R T V V P L M K V R V G D Y
2978                                                                                                  
Human S K - - - - - K E K D - S V I L S I W R P S S D L Y S L L T E G K R Y R I Y H L A T S K S K S K S E
Rat K K - - - - - R E K - - S A L L S I W R P S S D L P S L L T E G Q R Y R I Y H L S V S K S K N K F E
Dog R K - - - - - K E K D - S V T L S I W R P S P D L Y S L L I E G K R Y R I Y H L A A S Q S K S K S G
Cow K R - - - - - K E K D - S V I L N I W R P S S E L Y S L L T E G K R Y R I Y H L T A S K S K S K Y E
Grey, short tailed opossum K K - - - - - H E K D - S V I L S I W R P L S D I Y A L L K E G N R Y R I Y N L A T S P S K S K S D
Chicken R K - - - - - Q E K H R G V I L S I W R P L L D V C S L L K E G S R Y R I C Q L S T S Q S K G R S D
Western clawed frog R N - - - - - Y E T D A A Y I L N I W R P L P D V L S L L K E G C R Y K M Y H L A A S T S K G K S L
Pufferfish M E - - - - - K P G - - I Y Q L N I W R P P S E L Q S L L K E G C R Y K V Y N L T T T D S K K Q G G
Sea urchin N A S T - - - S K G Q Q T T F L T L W R P P D D L V T E L V E G K R F R I S S V A T S A G R N M P G
3022                                                                                                  
Human R A N I Q L A A T K K T Q Y Q Q L P V S D E I L F Q I Y Q P R E P L H F S K F L D P D F Q P S C S E
Rat W P S I Q L T A T K R T Q Y Q Q L P V S S E T L L Q L Y Q P R E L L P F S K L S D P A F Q P P C S E
Dog K A N T Q L T A T K K T Q Y Q Q L P A S D E I L S Q V Y Q P R E P L Y F N K L L D P D F Q P P C S E
Cow R A N I Q L T A T K K T Q Y Q Q L P A S D E I L L Q I Y Q P R E P L H F N K L L D S D F Q P P C S E
Grey, short tailed opossum R A H I R L T A T K K T Q Y Q Q L P V S H E A L S Q V Y Q P R E A V P L D K L M E P S F R P L C A E
Chicken S T N V Q L S A T K K T R Y L Q L S V S Q K M L Q Q I F F P R K A L K F T S L L D P S Y Q P P C A E
Western clawed frog A A D L Q L T A T K K T R F Q Q L Q P S E S I L E Q I Y S P R E V T D F S R F Q E P L F S A P Y A E
Pufferfish N T T V Q L S G T K K T Q F E D L Q A S E E L L S T Y F Q P R V S A T F I D L Q D P E F H S L C G E
Sea urchin M C P V Q L A S T R A T R Y E E L P A A S L K L Q R S Y I P R A A A S M Q W L G R G Y T Q A A Y G E
3072                                                                                        
Human V D L I G F V V S V V K K T G L A P - - - - - - F V Y L S D E C Y N L L A I K F W I D L N
Rat V D V V G V V V S V V K P I G L A P - - - - - - L V Y L S D E C L H L L V V K F G I D L N
Dog V D L I G F V V S V V K K I G L A P - - - - - - V V Y L S D E C H N L L A I K F W T D F N
Cow V D L I G F V V S V V K K I G I V P - - - - - - L V Y L S D E C H N L L A I K F W I D L N
Grey, short tailed opossum V D V V G V V I S V T K K P G V A P - - - - - - L V Y L S D E Y Y N L L A V K F W I D L N
Chicken V D V V G V V I S I S R - T G F S N - - - - - - M V Y L S D E S Y N L V A I K I W A D L R
Western clawed frog V D L V G L I I S I Y K K T G A A P - - - - - - V V Y I S D E S H N I V A L K F W T D L G
Pufferfish V D L T G Y V I S I I D G Q G F S P - - - - - - A F Y L T D G K Q N F V K V R C F S S F A
Sea urchin L D A V G I V V S L D E P S R S H P G S S Q Y H A V Y L A D Q D A A V M V I K F W T S P S
Alignments were prepared using the 3DCoffee server, which can combine sequence-sequence and sequence-structure alignments [Poirot O et al. Nucleic Acids Res 2004; 32:W37-40].
The BRCA1 RING and BRCT domains were aligned independently.
The 3DCoffee settings were Mlalign_id_pair, Mclustalw_pair, Mslow_pair, Mclustal_aln, and (for BRCA1 only) Mfugue_pair.
The RING domain alignment included the structure file 1JM7.pdb, and the BRCT domain alignments included the structure files 1JNX.pdb and 1T29.pdb.  No structure file was 
included in the BRCA2 DNA binding domain alignment.